云南省中医中药研究院是云南省卫生健康委员会直属的公益一类事业单位，成立于1979年。主要职责为开展中医、中药、民族医药、名老中医学术思想、中医药事业发展政策、规划等研究；开展基层中医药技术标准研究并提供技术培训和指导。现内设中医药防治艾滋病研究中心、附属医院、中药研究中心、民族民间医药研究中心、《云南中医中药杂志》编辑部、中心实验室等业务科室，组织人事科（纪检监察室）、办公室、财务科、科教科等管理科室。内设“云南省名老中医研究中心”、“云南省中医药防治艾滋病研究中心”2个原云南省卫生厅授牌研究机构。现有五台路2号、学府路139号、环城东路169号3个办公区。

云南省中医中药研究院现事业编制90人。现有在职职工77人，其中副高以上专业技术人员19人（正高8人）、中职专业技术人员30人。现有云南省名中医、荣誉名中医2人；云南省高层次人才培养支持计划“名医”专项1人、云南省中医药学科带头人培养对象2人、全国中药特色技术传承人才培训项目培养对象1人、全国中医药创新骨干人才培训项目培养对象1人、全国中医临床特色技术传承骨干人才培训项目培养对象1人、云南省中医临床优秀人才研修项目培养对象4人、高层次中医药人才培养对象（后备人才）1 人。